Հիվանդանոցի ակնաբուժական կլինիկան, որը գործում է 45 տարուց ի վեր, ներառում է ակնաբուժական վնասվածքաբանության, աչքի անոթային հիվանդությունների, ակնաբուժական գլաուկոմայի ու մանկական ակնաբուժական ծառայության, ցածր տեսողության բաժանմունքները և ակնաբուժական կոնսուլտատիվ պոլիկլինիկան:
Ակնաբուժական կլինիկայում տարեկան վիրահատվում և կոնսերվատիվ ճանապարհով բուժվում է ավելի քան 4 000 հիվանդ: Այստեղ իրականացվում են շլության, կատարակտայի վիրահատություններ, կերատո- և սկլերոպլաստիկա, աչքի օնկոլոգիական հիվանդությունների և գլաուկոմայի վիրահատություններ:
Ակնաբուժական կլինիկան հանդիսանում է նաև զորակոչային և նախազորակոչային տարիքի անձանց փորձաքննության և բուժման բազա: Կլինիկան եկար տարիներ ղեկավարում էր բժշկական գիտությունների դոկտոր, պրոֆեսոր, Առողջապահության ազգային ինստիտուտի ակնաբուժական ամբիոնի վարիչ Լևոն Հրանտի Բարսեղյանը: Ներկայումս կլինիկայի ղեկավարն է բժշկական գիտությունների դոկտոր, պրոֆեսոր Ալլա Հովհաննիսյանը, ով միաժամանակ ղեկավարում է ակնաբուժական գլաուկոմայի բաժանմունքը: